مقام معظم رهبر-مدظله العالی- در برخی موارد از فلسفه با عنوان «فقه اکبر» یاد کرده اند. برای مثال ایشان در دیدار جمعی از نخبگان حوزوی در 29 دی 82 با بیان این مطلب که درس فلسفه علامه طباطبائی(رحمة الله علیه) توسط حضرت آیت الله بروجردی(رحمة الله علیه) تعطیل شد و این امر ثمرات بدی داشت می‌فرمایند نتیجه این امر این شد که «امروز سطح تفکّرات و معرفت فلسفی ما در جامعه و بین علمای دین محدود است. با بودنِ استادی مثل آقای طباطبایی، جا داشت امروز تعداد زیادی استاد درجه‌ی یک از تلامذه‌ی ایشان در قم و دیگر شهرستانها داشته باشیم. آقای طباطبایی فرد فعّالی بود؛ بنابراین جریان فلسفی‌ای که به وسیله‌ی ایشان پایه‌گذاری شد، باید به شکل وسیعی گسترش پیدا می‌کرد، که نکرده است.»

سپس ایشان اضافه می‌کنند: " فلسفه‌ی اسلامی - همان‌طور که شما فرمودید و درست هم گفتید - فقه اکبر است؛ پایه‌ی دین است؛ مبنای همه‌ی معارف دینی در ذهن و عمل خارجی انسان است؛ لذا این باید گسترش و استحکام پیدا کند و برویَد و این به کار و تلاش احتیاج دارد."

ایشان البته در ادامه به عنوان یک بحث آسیب شناسانه می‌فرمایند مرکز فلسفه نباید از قم خارج شود و اینکه باید اساتید مبرز و عمیق در فلسفه را تدریس کنند و از اینکه برخی‌ها که ورود و عمق کافی در فلسفه ندارند؛ و به تدریس فلسفه مشغولند احساس نگرانی می‌کنند.

معظم له در همان دیدار دی 82 در ادامه بیاناتشان به بیان این مطلب می‌پردازند که فلسفه باید وارد مسائل اجتماعی جامعه نیز بشود. در همین زمینه ایشان می‌فرمایند: «نقص فلسفه‌ی ما این است که این ذهنیّت امتداد سیاسی و اجتماعی ندارد. فلسفه‌های غربی برای همه‌ی مسائل زندگی مردم، کم و بیش تکلیفی معیّن می‌کند: سیستم اجتماعی را معیّن می‌کند، سیستم سیاسی را معیّن می‌کند، وضع حکومت را معیّن می‌کند، کیفیت تعامل مردم با همدیگر را معیّن می‌کند؛ اما فلسفه‌ی ما به‌طور کلّی در زمینه‌ی ذهنیّاتِ مجرّد باقی می‌ماند و امتداد پیدا نمی‌کند.»

ایشان در ادامه می فرمایند: «مى‏توان در مبانى موجود فلسفىِ ما نقاط مهمّى را پيدا كرد كه اگر گسترش داده شود و تعميق گردد، جريانهاى بسيار فيّاضى را در خارج از محيط ذهنيّت به وجود مى‏ آورد و تكليف جامعه و حكومت و اقتصاد را معيّن مى‏كند. دنبال اين‏ها بگرديد، اين نقاط را مشخّص و رويشان كار كنيد؛ آن‏گاه يك دستگاه فلسفى درست كنيد. از وحدت وجود، از «بسيط الحقيقة كلّ الاشياء»، از مبانى ملّا صدرا،- اگر نگوييم از همه‏ى اين‏ها، از بسيارى از اين‏ها- مى‏شود يك دستگاه فلسفىِ اجتماعى، سياسى و اقتصادى درست كرد؛ فضلًا از آن فلسفه‏ هاى مضاف كه آقايان فرمودند: فلسفه‏ اخلاق، فلسفه‏ اقتصاد و .... اين، يكى از كارهاى اساسى است. اين كار را هم هيچ‏كس غير از شما نمى‏تواند بكند؛ شما بايد اين كار را انجام دهيد.»

در ادامه بحث معظم له از فلسفه به عنوان دستگاهی که ما را به خدا نزدیک می‌کند صحبت می‌کنند. و در نهایت به لزوم تألیف فلسفه برای کودکان می‌پردازند.

ایشان در درس خارج فقه خود در سال 70 می‌فرمایند: «فلسفه هم اگرچه در حوزه‏ها رايج است، اما در حقيقت بايد گفت كه مهجور است. فلسفه بايد در حوزه‏ها رواج پيدا كند. فلسفه فقط اين نيست كه ما كتاب منظومه يا اسفار را بگيريم و از اول تا آخر بخوانيم؛ نه، تبحر در فلسفه به اين معناست كه ما بتوانيم از تمام افكار فلسفى موجود دنيا كه به شكل ساعت‏نگارى پيش مى‏رود و ساعت‏ به‏ ساعت فكر فلسفى مطرح مى‏شود و از مادّه فلسفه‏ موجود خودمان مطلع باشيم و در مقابل فلسفه‏ هاى غلط و انحرافى، خودمان را در حال آماده ‏باش نگهداريم و احياناً اگر نقطه‏ مثبتى در آن‏ها هست، از آن نقطه‏ مثبت استفاده بكنيم. فلسفه‏ ما اين‏طورى پيشرفت مى‏كند؛ و الّا در حد شناخت افكار و كلامات بزرگان به اين اندازه ارزشى ندارد. فلسفه بايد ما را به معرفت كامل برساند. بايد ديد در وادى معرفت در سطح بشرى، چه‏ كار دارد مى‏شود. بايستى پى‏ درپى كارهاى جديد، افكار جديد، روشها و متدهاى جديد در حوزه مطرح بشود.»

مقام معظم رهبری در دیدار طلاب و فضلای قم در 29 مهر 89 با اشاره به لزوم فراگیری فلسفه و کافی نبودن فقه می‌فرمایند: «يك مسئله، مسئله‏ درس فلسفه و رشته‏ فلسفه است. توجه بكنيد؛ اهميت فقه و عظمت فقه نبايد ما را غافل كند از اهميت درس فلسفه و رشته‏ فلسفه و علم فلسفه؛ هر كدام از اينها مسئوليتى دارند. رشته‏ فقه مسئولياتى دارد، فلسفه هم مسئوليتهاى بزرگى بر دوش دارد. پرچم فلسفه‏ اسلامى دست حوزه‏ هاى علميه بوده است و بايد باشد و بماند. اگر شما اين پرچم را زمين بگذاريد، ديگرانى كه احياناً صلاحيت لازم را ندارند، اين پرچم را برميدارند؛ تدريس فلسفه و دانش فلسفه مى‏ افتد دست كسانى كه شايد صلاحيتهاى لازم را برايش نداشته باشند. امروز اگر نظام و جامعه‏ ما از فلسفه محروم بماند، در مقابل اين شبهات گوناگون، اين فلسفه‏ هاى وارداتى مختلف، لخت و بى‏ دفاع خواهد ماند. آن چيزى كه ميتواند جواب شماها را بدهد، غالباً فقه نيست؛ علوم عقلى است؛ فلسفه و كلام. اينها لازم است. در حوزه، اينها رشته ‏هاى مهمى است. رشته‏ مهم ديگر، تفسير است؛ انس با قرآن، معرفت قرآنى. ما نبايد از تفسير محروم بمانيم. درس تفسير مهم است، درس فلسفه مهم است؛ اينها رشته‏هاى بسيار باارزشى است.»

معظم له در دیدار اساتید دانشگاه در ماه رمضان سال 89 می‌فرمایند: «يكى از آقايان راجع به مسئله‏ توليد فكر مطلب بسيار مهمى گفتند؛ كاملًا درست است. پايه‏ علم هم بر فلسفه است؛ فلسفه نباشد، علم وجود ندارد. اگر استنتاج فلسفى نباشد، اصلًا علم ميشود بى‏ معنا. توليد فكر خيلى مهم است. البته توليد فكر از توليد علم دشوارتر است. متفكرين و نخبگان فكرى در معرض آسيبهائى هستند كه نخبگان علمى كمتر در معرض آن آسيبها قرار ميگيرند. بنابراين كار، كار دشوارى است؛ اما بسيار مهم است. نكته ‏اى كه مطرح كردند، نكته‏ درستى بود؛ بنده بهره بردم و اين را قبول دارم.»

مقام معظم رهبری-مدظله العالی- در عین حالی که به لزوم فراگیری فلسفه تأکید دارند؛ روی بحث آزاداندیشی در محیط‌های علمی خصوصاً محیط‌های طلبگی نیز تأکید دارند. پس نباید گمان شود که برای مثال موافقان فلسفه باید مخالفین آن را تحمیق کنند یا مخالفان فلسفه، مدافعان را تکفیر کنند و این چوپ تکفیر و تحمیق مضرات زیادی دارد. بلکه باید محیط‌ها علمی در آنها آزاداندیشی حاکم باشد یعنی در عین حالی که نقدهای دقیق و جدی علمی از هر طرف متوجه طرف دیگر می‌شود؛ اما نباید به این بهانه یک گروه بخواهند گروه دیگر را از صحنه حذف کنند.

در این زمینه نیز معظم له بیانات شیوائی دارند.

برای نمونه ایشان در دیدار جمعی از طلاب سراسر کشور در آذز 86 بیانات مفصلی در باب آزاداندیشی ایراد می‌کنند. ایشان در این سخنرانی با بیان این مطلب که اصولاً آزاداندیشی از مشخصات حوزه‌های علمیه بوده است می‌فرمایند: «يكى از موضوعاتى كه حتماً لازم است من عرض بكنم، مسئله‏ آزادانديشى است كه در بعضى از صحبتهاى آقايان بود. چرا اين كرسيهاى آزادانديشى در قم تشكيل نمى‏شود؟ چه اشكالى دارد؟ حوزه‏هاى علميه‏ ما، هميشه مركز و مهد آزادانديشىِ علمى بوده و هنوز كه هنوز است، ما افتخار مى‏كنيم و نظيرش را نداريم در حوزه‏هاى درسىِ غير حوزه‏ى علميه، كه شاگرد پاى درس به استاد اشكال كند، پرخاش كند و استاد از او استشمام دشمنى و غرض و مرض نكند. طلبه آزادانه اشكال مى‏كند، هيچ ملاحظه‏ى استاد را هم نمى‏كند. استاد هم مطلقاً از اين رنج نمى‏برد و ناراحت نمى‏شود؛ اين خيلى چيز مهمى است. خوب، اين مال حوزه‏ ماست. در حوزه‏هاى علميه‏ ما، بزرگانى وجود داشته‏ اند كه هم در فقه سليقه‏ ها و مناهج گوناگونى را مى‏ پيمودند، هم در برخى از مسائل اصولى‏تر؛ فيلسوف بود، عارف بود، فقيه بود، اين‏ها در كنار هم زندگى مى‏كردند، باهم كار مى‏ كردند؛ سابقه‏ حوزه‏هاى ما اين‏جورى است. يكى، يك مبناى علمى داشت، ديگرى آن را قبول نداشت. اگر شرح حال بزرگان و علما را نگاه كنيد، از اين قبيل مشاهده می‌كنيد.»

ایشان در ادامه با برشمردن دو مثال در همین زمینه فلسفه و مخالفت با آن در بحث آزاداندیشی می‌فرمایند: «ما تحمل را در حوزه بايد بالا ببريم. خوب، يكى مشرب فلسفى دارد، يكى مشرب عرفانى دارد، يكى مشرب فقاهتى دارد، ممكن است همديگر را هم قبول نداشته باشند. من چند ماه پيش از اين، در مشهد گفتم كه مرحوم آشيخ مجتبى قزوينى (رضوان اللَّه تعالى عليه) مشرب ضديت با فلسفه‏ حكمت متعاليه، مشرب ملّا صدرا، داشت- ايشان شديد، در اين جهت خيلى غليظ بود- امام (رضوان اللَّه عليه) چكيده و زبده‏ مكتب ملّا صدراست؛ نه فقط در زمينه‏ فلسفى‏ اش، در زمينه‏ عرفانى هم همين‏جور است. خوب، مرحوم آشيخ مجتبى نه فقط امام را قبول داشت، از امام ترويج مى‏كرد تا وقتى زنده بود. ترويج هم از امام كرد؛ ايشان بلند شد از مشهد آمد قم، ديدن امام. مرحوم آميرزا جواد آقاى تهرانى در مشهد جزو برگزيدگان و زبدگان همان مكتب بود، اما ايشان جبهه رفت. با تفسير حمد امام كه در تلويزيون پخش مى‏شد، مخالف بودند؛ به خود من گفتند؛ هم ايشان، هم مرحوم آقاى مرواريد، اما حمايت مى‏كردند. از لحاظ مشرب و ممشا مخالف، اما از لحاظ تعامل سياسى، اجتماعى، رفاقتى، باهم مأنوس؛ همديگر را تحمل مى‏كردند. در قم بايد اين‏جورى باشد.»