ایران و ملی گرایی و وطن دوستی با اسلام منافاتی نداره! حتی حدیثی هم وجود داره که " حب الوطن من الایمان" (البته این حدیث در چند کتاب نقل شده ولی سندیتش کمی مبهمه) حتی اگر این حدیث درست هم نباشه بازهم منافاتی نداره :
http://islamquest.net/fa/archive/question/az21517
همچنین کوروش به زعم بسیاری از مفسرین همان ذوالقرنین هست پس قطعا مقابل اسلام قرار نداره حتی اگر ذوالقرنین هم نباشه!
اما این حب وطن و اسطوره سازی کوروش و داریوش و .. رو دشمنان سعی کردند مقابل اسلام قرار بدند و این کار رو هم کردند و متاسفانه تا جایی هم موفق بودند!